本校與國立臺灣師範大學、國立陽明交通大學共同成立「科學班入學及學科資格考試委員會」負責審理科學班學生入學資格及就讀期間學科資格考試相關事宜。
1.委員會成員
（1）大學端：國立臺灣師範大學教務長、理學院院長、理學院相關系所主任、國立陽明交通大學教務長、生命科學院相關系所主任。
（2）高中端：校長、教務主任、輔導主任、科學班主任、數學科、自然學科教師代表。
2.委員會職掌
（1）對國中學生、老師及家長進行宣導說明。
（2）審訂科學班招生計畫。
（3）課程及教材規劃與審訂。
（4）審訂學科資格考試。
（5）綜理學生升學規劃。
（6）科學班實施情形輔導與改善。
3.師大附中科學班工作小組：在委員會之下，設立「師大附中科學班工作小組」，由本校校長、教務主任、師大與陽明校區教務長及任教科學班的教師組成，負責「行政」、「課程」、「甄選」、「學生輔導」的規劃和執行事宜。
科學班的工作小組行政架構、成員編制及工作職掌如下：
